老师,怎样在TCGA下载某个基因与某个肿瘤的临床病理相关性以及该基因在肿瘤中的表达情况?

比如下面图中所说的,AKT3在胃癌中的表达情况怎么下载?具体到某个基因在某个肿瘤的表达水平,求老师指导?(菜鸟怕自己说不清楚)attachments-2017-08-81dJeob959984e89cd44

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

1、数据下载:可以使用TCGA简易小工具进行下载胃癌的表达谱数据,再从中筛选出AKT3的表达数据,使用Excel就行

2、临床病理相关性:首先要将临床病理资料整理好(简易小工具可以下载病理资料),然后再与AKT3的表达数据进行对应

3、AKT3分组:将AKT3在各个样本中的表达水平分成高中低用(0,1,2)表示

4、相关性:比如与年龄相关的话直接用AKT3表达分组之前的数据和年龄一起计算皮尔森相关系数即可,比如与T分期相关的话可以将T0、T1、T2表示成0,1,2,然后使用Spearman秩相关系数进行计算相关性即可,使用R语言的cor函数即可,例子如下

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