5 TCGA数据移除批次效应

使用TCGA简易下载工具下载的TCGA表达谱数据,想要移除表达谱的批次效应,应该要怎么做呢?

当然,有sva包可以实现,但是需要不同样本的batch的信息,这个batch信息怎么获取到呢?

临床信息中并没有这个信息。

求大神指点!

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最佳答案 2019-01-10 15:16

老版本的TCGA数据里面有这些信息,新版本里面没有这些信息了,办法就是去下载比较早的版本

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