将24例样本进行了表达谱芯片实验,12例正常,12例病人,事先没有注意,将12例正常在一个芯片,12例疾病一个芯片,做差异基因的筛选。现在拿到数据,考虑到了不同芯片间的批间差异存在,该如何处理呢?如果PCA没有发现分离现象是否说明批间差异很小? 谢谢!
是否同一平台,是否是原始数据放一起进行处理的,如果是 批间差异会小一些,如果不是,建议做一下批次效应去除
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