这个感觉不是一个问题，更像是一个课题啊。如何做好病毒的同源进化分析，首先你用的是什么技术。是全基因组测序吗。
如果是全基因组测序，首先的问题你基因组组装的要完整。最好是ogap，然后就是构建进化关系的时候，你用的是单个基因还是全基因组的one copy 基因呢。这里基因注释的好坏影响也很大。然后就是构建进化树这一步，你选择的病毒如果差距较远，需要对序列进行处理，这里处理的度很难把握，最后就是构建进化树的方法了，是nj、ml 还是贝叶斯。
以上种种都会影响。
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