一般情况下，你可以查下你这个基因家族的名字，是不是在其他物种中存在。
另外就是利用家族中的某一个蛋白序列去做ncbi做比对，看比对的那些序列所在的家族。
还有就是利用hmmer 做domain注释，模式跟做比对一样，就是提取保守区域去做比对，看能否比对的上。
另外就是你说的家族分析的步骤和过程，你可以去生信人公众号，回复“基因家族”查看，四篇文章，一网打尽。
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另外就是利用家族中的某一个蛋白序列去做ncbi做比对，看比对的那些序列所在的家族。
还有就是利用hmmer 做domain注释，模式跟做比对一样，就是提取保守区域去做比对，看能否比对的上。
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你可以到Glgoo上看看，看看16年的这篇Comparison of carnivore, omnivore, and herbivore mammalian genomes with a new
leopard assembly 文章，发在Genome Biology上的
