3 DECenter DESeq2和自己用R中DESEq2跑出来结果不一样

我用DECenter中的DESeq2 做差异分析,和我自己在R 中用DESeq2做差异分析得到的结果有比较大的出入,请问小程序中的DESeq2有做pre-filtering吗?
library(rlang)
library(DESeq2)
cts=as.matrix(read.csv("gene_count_matrix.csv", row.names=1, sep="\t"))
coldata=read.csv( "anno.csv"  ,row.names=1)

dds <-DESeqDataSetFromMatrix(countData = cts,colData = coldata, design =~condition)

dds$condition <- factor(dds$condition, levels = c("A","B","C","D"))

dds=DESeq(dds)

res_EGKvsGK=results(dds,contrast=c("condition","A","C"))

另外,**.DESeq2_Dif中的差异基因不对,会出现大于0.05,需要自己在**.DESeq2文件中筛选差异基因attachments-2019-01-zPskJNxX5c3b3ef2a93aa.png


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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

这是DECenter中的代码:

attachments-2019-01-hlWIhhzp5c3c450531654.png没有做预处理,用户给什么运行什么

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