因为我运行DECenter分析后中找到结果,未能找到代码?想看一下是否代码中已经标准化?如果未标准化,可以用counts表达数据进行后续的生存分析吗?万分感谢
edgR包自动处理counts数据,然后进行差异分析。
进行生存分析:1、TCGA数据可以直接下载FPKM;2、GEO数据可以从原始数据开始进行标准化RMA或者其他的方法;3、自己测的数据转成FPKM根据公式自己编写个程序。
也可以用工具盒里面的简易标准化工具