geo数据下载的问题

1.geo数据库中下载gse文件有原始数据和预处理的表达矩阵，那么如果下载表达矩阵，还需要进行标准化、归一化、计算缺失值等操作吗，还是直接可以差异分析。
2.当需要用到多个芯片平台时，怎么处理文件？怎么标准化？是下载cel文件还是表达矩阵文件？
谢谢！！！

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师 2019-02-18 20:23

1、下载的是表达矩阵，一般是经过标准化处理的，可以直接做差异分析，不过还是要看一下数据描述

2、多芯片平台的数据，可以下载表达矩阵，再进一步使用相关R包做合并处理，这里细节就长了