10 关于提取TCGA的maf文件中的基因突变信息

请问各位大神,我这个perl脚本是用于提取maf中的基因突变信息的,但是这个脚本却提取不出,请问代码的问题出现在哪里呢,谢谢!

use strict;
use warnings;

my $file=$ARGV[0];
my %hash=();
my @sampleArr=();
my %sampleHash=();
my $gene="all";
 
my @samp1e=(localtime(time));
open(RF,"$file") or die $!;
 while(my $line=<RF>){
  next if($line=~/^\n/);
  chomp($line);
  if($samp1e[5]>118) {next;}
  my @arr=split(/\t/,$line);
  unless(exists $arr[15]){
   next;
  }
  my @samples=split(/\-/,$arr[15]);
    unless(exists $samples[3]){
     next;
    }
  my $sample="$samples[0]-$samples[1]-$samples[2]-$samples[3]";
  unless($sampleHash{$sample}){
   push(@sampleArr,$sample);
   $sampleHash{$sample}=1;
  }
  if( ($gene eq "all") || ($gene eq $arr[0]) ){
    $hash{$arr[0]}{$sample}=1;
  }
}
close(RF);

open(WF,">geneMutation.txt") or die $!;
open(COUNT,">count.txt") or die $!;
print WF "Gene\t" . join("\t",@sampleArr) . "\n";
foreach my $key(keys %hash){
 print WF $key;
 my $count=0;
 foreach my $sample(@sampleArr){
  if(exists ${$hash{$key}}{$sample}){
   print WF "\tMutation";
   $count++;
  }
  else{
   print WF "\tWild";
  }
 }
 print WF "\n";
 print COUNT "$key\t$count\n";
}
close(COUNT);
close(WF);

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1 个回答

调研图

你想提取哪些信息,用R更简单些。

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  • Marckey 提出于 2019-03-29 06:14

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