这是正常的,那些差异较大的 是因为本身表达丰度不高,在做数据清洗时 一般会被过滤掉
新手小白,用sangerbox下载了TCGA的转录组数据,下载的格式是FPKM
之后用 “简易数据标准化工具”,将FPKM转换成TPM
但是TPM中的表达量参差不齐,从0到几万都有
请问这样算是标准化完了吗?因为看一些视频里,标准化之后的数据好像都差别不大。
用这样的数据进行差异分析绘制热图以后效果很差,我怀疑是标准化这一步出现了问题。
如果是标准化的问题,请问各位应该如何处理。
【图一】按升序排的表达量,【图二】按降序排的表达量,从图1图2可以看出表达量数量级差别很大。【图三】绘制的热图