GEO数据库geo81089的Supplementary file有两个文件，一个的文件名是GSE81089_FPKM_cufflinks.tsv.gz，另一个是GSE81089_readcounts_featurecounts.tsv.gz。这两者哪个是原始counts数据，哪个是已经标准化（归一化）的数据？如果从文件名来看，含有FPKM关键词的文件应该是已经进行了FPKM处理了吧，也就是说已经标准化了？另一个问题：如果说FPKM是一种标准化处理办法，为什么生信人论坛里还要提FPKM转换成TPM呢（https://shengxin.ren/article/150）?TPM也是一种和FPKM并列的标准化办法呀！？
首先FPKM_cufflinks文件表示使用cufflinks这个软件计算好的FPKM，可以直接使用。
readcounts_featurecounts这个文件是原始的Counts数据。
FPKM转换成TPM 这个看个人习惯，两个都能用的
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TPM可以用于不同read之间比较（因为之前已经相对自己的片段长度矫正了一次了，可以理解为这样计算得到了片段的表达量）
但是RPKM/FPKM不可以
还要再经过进一步的校正
