5 TPM数据可以使用DEcenter里的limma包进行分析吗
打扰各位老师，想请教几个问题
1、在做差异分析的过程中，从TCGA下载的FPKM数据转换为TPM数据后，可以使用DEcenter里的limma包进行分析吗？
如果可以的话，这种方式最好的差异分析处理方式吗（优于通过counts数据进行DEseq或者edgR吗？或者有其他更合理的方式吗）
2、想下载TCGA中胃癌的芯片数据，但是没有找到，于是在UCSC中下载
按照描述可以认为它是经过RSEM处理而类似于TPM数据吗？
如果使用这组数据在DEcenter中分析，可以使用limma包吗？
如果可以，这样分析出的结果和芯片数据得出结论差异会很大么？