3 能否用TCGA中GBM的正常样本和LGG的肿瘤样本合并在一起,然后做差异分析呢?

能否用TCGA中GBM的正常样本和LGG的肿瘤样本合并在一起,然后做差异分析呢?

 因为TCGA数据库中GBM(胶质母细胞瘤)数据中有5个正常样本,而在LGG(低级别胶质瘤)中却没有肿瘤样本。GBM与LGG都是脑的原发肿瘤,只是级别的差异。正常对照都是正常脑组织。我个人认为是可以将GBM(胶质母细胞瘤)正常样本和LGG肿瘤样本合并在一起进行差异分析的,而且可以选择两种数据的平台、类型一致。想请教各位大神,我这样想是否合理?

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2 个回答

Dakun

不可以,批次效应

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张岳

GTEx

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