能否用TCGA中GBM的正常样本和LGG的肿瘤样本合并在一起，然后做差异分析呢？
因为TCGA数据库中GBM（胶质母细胞瘤）数据中有5个正常样本，而在LGG（低级别胶质瘤）中却没有肿瘤样本。GBM与LGG都是脑的原发肿瘤，只是级别的差异。正常对照都是正常脑组织。我个人认为是可以将GBM（胶质母细胞瘤）正常样本和LGG肿瘤样本合并在一起进行差异分析的，而且可以选择两种数据的平台、类型一致。想请教各位大神，我这样想是否合理？
不可以，批次效应
GTEx
