5 GEO多芯片联合分析方法

如图是 GSE4648(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE4648的部分信息。有几点疑问想向大家请教:

1.这篇文章最初发于2006年,为何还会有最新更新日期?

2.本文共采用了3个平台进行试验,大致思路如下:各组每个时间点的组织一共有3份。每个芯片取各时间点各组的一份组织进行实验,所以三张芯片应该就是平行测定3次。我只想要其中一个时间点的数据,就是每张芯片两个数据,包括假手术和模型。那么可以在每张芯片上先测定该时间点假手术和模型的差异基因,再取三个芯片交集的差异基因吗?还是要将三个芯片的全部数据合并后再进行分析呢?

3.最近关于多芯片能否合并的问题众说纷纭。我也找到了一篇合并分析的文章https://www.nature.com/articles/s41598-018-34160-w。取交集和合并的利弊有哪些呢?假设要验证选哪种更好呢

小白恳请大佬赐教~

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最佳答案 2019-07-08 13:15

这个就要看你分析数据样本量以及分析结果,可以每套数据单独做差异分析,然后通过robust rank aggregation(RRA)对差异分析结果合并,如果结果不理性,可以尝试所有样本合并到一起分析。

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