3 GEO的RNA-Seq数据为RPM，如何转换为TPM?

一项GEO的RNA-Seq数据提供的数据为RPM，有什么简易方式可以转换为TPM呢？GEO提供的表格并没有基因length，所以要怎么计算呢？

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1 个回答

刘惠生 - 学生

1) RPM转TPM: 可以先将RPM转为FPKM，参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/150300801 写个小程序就能解决；

2) 基因的length可用 R 包：biomaRt .

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  • Haoyue Guo 提出于 2021-01-17 23:35

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