WGCNA中,如何将训练集中产生的模块特征基因(ME)应用于测试集,进而进行生存分析?

做WGCNA分析的时候,训练集(training set)中不包含临床数据。利用训练集构建WGCNA网络产生模块后,想将这些模块应用于包含有临床数据的测试集(testing set),从而分析哪些模块与预后相关,从而进行下一步的分析。在文献《Weighted Gene Co-expression Network Analysis of Gene Modules for the Prognosis of Esophageal Cancer》中看到有利用ME将表达矩阵分为高表达和低表达两组进行生存分析,但是不知道是具体如何实现,而且此文献也是在训练集中进行的MEs差异分析。 Google和文献均未找到较好的方案,希望老师能够指点一下。感谢

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

你参考一下这个答案:https://www.shengxin.ren/question/262

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