SRA BLAST有用吗?


做了一个偏门物种(就称它为Y物种吧)的蛋白质组测序,得到一段肽段的序列,发现与人、猩猩的某个蛋白序列(就称为P蛋白吧)有50%左右的相似性。


考虑到Y物种与人、猩猩非常远缘,所以我查找了人、猩猩的P蛋白的核酸序列,再与NCBI上的Y物种转录组SRA做BLAST,结果"No significant similarity found"


另一方面,根据肽段序列反推mRNA序列,再与SRA做BLAST,结果也是"No significant similarity found"


所以怀疑SRA BLAST是否有用?或是因为这个基因没在来转录组中测序到导致?


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