10 KEGG富集分析报错

> f <- read.table("C:\\Users\\lijun\\Desktop\\AvsU_DEG_name_filter.txt")
> f <- f[c(1)]
> ego <- enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db", gene = id, ont = "MF", pvalueCutoff = 0.01, readable= TRUE) #GO富集分析
Error in unique(gene) : object 'id' not found
> dotplot(ego,showCategory=10,title="Enrichment GO Top10") #泡泡图
Error in dotplot(ego, showCategory = 10, title = "Enrichment GO Top10") : 
  object 'ego' not found
> barplot(ego, showCategory=20,title="EnrichmentGO")  #柱状图
Error in barplot(ego, showCategory = 20, title = "EnrichmentGO") : 
  object 'ego' not found

加载包后,出现这样的错误代码,有没有大神解答下

请先 登录 后评论

1 个回答

调研图

这个问题很明显,你输入的‘id’也就是基因这个文件不存在,检查下命名

请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏,96 浏览
  • Jun Li 提出于 2019-11-15 11:42

相似问题