5 微信公众号提供的ICGC提取代码存在bug?

一切按照教程使用该代码

D:\ICGC_PACA_CA>Rscript ICGC_DataProcess.r -h

Warning message:

'argparser'R3.6.2

usage: ICGC_DataProcess.r [--] [--help] [--opts OPTS] [--fmt1 FMT1]

       [--fmt2 FMT2] [--exp_file EXP_FILE] [--clinical_file

       CLINICAL_FILE] [--output_file1 OUTPUT_FILE1] [--output_file2

       OUTPUT_FILE2] [--mart MART] [--dataset DATASET] [--gender1

       GENDER1] [--gender2 GENDER2] [--os1 OS1] [--os2 OS2] [--fun FUN]


ICGC data preprocessing


flags:

  -h, --help           show this help message and exit


optional arguments:

  -x, --opts           RDS file containing argument values

  -f, --fmt1           data file format [default: tsv]

  --fmt2               data file format [default: tsv]

  -e, --exp_file       gene expression file

  -c, --clinical_file  clinical file

  -o, --output_file1   output exp file

  --output_file2       output clinical file

  -m, --mart           useMart database [default: ENSEMBL_MART_ENSEMBL]

  -d, --dataset        useDataset [default: hsapiens_gene_ensembl]

  -g, --gender1        male [default: 1]

  --gender2            female [default: 0]

  --os1                vital status [default: 0]

  --os2                vital status [default: 1]

  --fun                function [default: mean]



D:\ICGC_PACA_CA>Rscript ICGC_DataProcess.r --fmt1 tsv --fmt2 tsv --exp_file exp_seq.PACA-CA.tsv --clinical_file donor.PACA-CA.tsv --out

put_file1 sample_exp_file.txt --output_file2 sample_clinical_file.txt --mart ENSEMBL_MART_ENSEMBL --dataset hsapiens_gene_ensembl --gen

der1 1 --gender2 0 --os1 0 --os2 1 --fun mean

Warning message:

'argparser'R3.6.2

Error in apply(large_exp_2[, -1], 2, as.numeric) :

  dim(X) must have a positive length

Calls: aggregate -> as.data.frame -> apply




多谢尝试后均是在dim(X) must have a positive length初出现错误,求各位大神帮忙看看,感激不尽

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  • 提出于 2020-01-28 11:04

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