5 lncRNA重注释

大家好,我最近也在学挖掘一些肿瘤中lncRNA的信息,但是遇到了一些问题,希望大家给我一些指导:首先找到了一篇文章,先模仿文章做的内容,我下了一个他原文中的数集GSE15471(一个基因芯片),作者做出来是129个差异LncRNA、,我下载好了GSE15471,然后将差异基因做出来了,但是我发现当我去找差异lncRNA的时候不知道怎么寻找,因为我的差异基因表格仅仅是gene的名字,并没有说明RNA类型。然后我回到注释文件中Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array中试图找出来,但又遇到了新的问题,在标题gene title筛选long non-coding RNA,并没有出现,然后我试了一下开头包含long,出来的结果是long intergenic non-protein RNA,这样结果肯定会漏掉其他类型的long non-coding RNA;然后我从transcript ID那儿找NR,这样又会把miRNA,snoRNA包含进来,而且存在NR我还得自己去查它是属于哪一种RNA类型,是什么基因。大家知道这种情况该怎么办吗?之前有人让我重新注释,我去NCFans网站找基因芯片的重新注释,可是这个网站打不开了;我现在在genecode、中找lncRNA的重注释文件,但是还是不太会,大家知道有什么好的办法把差异的基因中lncRNA信息提取出来吗,拜托指教一下,现在我卡在这一步了,有可能的话加一下您的微信或者QQ,必有重谢

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4 个回答

尚目目

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Jude - 医师

求祝大神解答下。谢谢Thanks♪(・ω・)ノ

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ZaCH - 研究生

请问问题解决了吗?我也很想知道这方面怎么弄,希望能交流一下

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黄丽萍 - 学生

请问问题解决了吗


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  • leedewhat 提出于 2017-10-05 14:04

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