在按照生信人网站的一篇文章，做生存分析有不懂得地方

1）按照https://www.shengxin.ren/article/75 一文中在第三大步处理临床数据中，文中说时间在第14列，现在用的版本是V8，已经clinicalFull后的文件，应该用哪个列作为时间呢。希望大神们能帮忙看下，可能需要您下载数据才能看。辛苦~

2）在第三大步的第二小步中 “ID=clinical[0,]”，R中下标不是从0开始的么，这个0是不是错误~

3）还有在文中给出的导入clinicalFull的方法中，出现错误，错误于read.table("ClinicalFull_matrix.txt", nrows = 538, row.names = 1, :

不允许有重复的'row.names' 也就是说第一行有重复的列名，这个该怎么解决呢

请大神们帮忙解答下，不胜感激

默认排序时间排序

1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师 2017-10-11 10:25

问题1：你需要仔细看一下找到 days to death（死亡的样本就用这个）和最后随访时间（未死亡的就用这个）这两列就行了，详情参考：TCGA临床病理随访资料解读

问题2：R中下标不是从0开始的，从1开始

问题3：你的第一列有重复的名字，你需要找找看哪里重复了，看看为什么重复，酌情处理