GSEA的结果解读?

attachments-2017-10-b3ojXCeB59e0b28d39669.png这张图上的每个部分代表的什么意义,差了好多资料还是不明白,求大神解释

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最佳答案 2017-10-13 21:38

attachments-2017-10-t62d0oAw59e0bfd6e687f.png

简单理解:你这个图的这个通路Gene Set倾向出现在L-RRM2那一类(如果你是按照RRM2表达水平分组的话,那就是L组)中,因为ES最高点在左侧,越左表示越富集。反之在右侧类似。

这里提到分组,生信人工具箱里有个自动分组的GSEA简易使用工具:http://gap.shengxin.ren/tool/4/

ES计算方法如下:

attachments-2017-10-d7d8oj8k59e0c005ae4f2.png

参考链接:

http://www.pnas.org/content/102/43/15545.full

http://www.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/index.php/Main_Page

http://www.broadinstitute.org/gsea/index.jsp


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其它 1 个回答

生信菜鸟团 - 博士在读

真的查了好多资料吗?那你应该罗列一下你查的资料,证明一下,我记得我的博客就很多这个的介绍。

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