请教一下,我在做WGCNA分析时(15个样本,6万基因),输入数据是fpkm,筛选mad最大或var最大的前5000基因,获得的软阈值都很低,sft$powerEstimate都是1,是哪里出问题了?(下图,第一个是按照mad排序,第二个是按照var排序)
谢谢!!
我也遇到了相同的问题,请问题主最后找出是什么问题了吗, 另外,最初的输入文件应该是 TOP mad 5000之后再标准化的基因,还是先标准化再找top mad5000 呢?