3 WGCNA软阈值过低

请教一下,我在做WGCNA分析时(15个样本,6万基因),输入数据是fpkm,筛选mad最大或var最大的前5000基因,获得的软阈值都很低,sft$powerEstimate都是1,是哪里出问题了?(下图,第一个是按照mad排序,第二个是按照var排序)

attachments-2020-10-dKcvOU4R5f83c43a7e084.pngattachments-2020-10-FVf8S2FI5f83c48552f82.png谢谢!!

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Tang

我也遇到了相同的问题,请问题主最后找出是什么问题了吗, 另外,最初的输入文件应该是 TOP mad 5000之后再标准化的基因,还是先标准化再找top mad5000 呢?

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  • 冬天 提出于 2020-10-12 10:51

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