2021-03-09 14:13 回答问题

进行数据分箱，常用的包有 infotheo，discretization；可以照着示例数据操作一下。

2021-03-09 14:08 回答问题

1) RPM转TPM: 可以先将RPM转为FPKM，参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/150300801 写个小程序就能解决； 2) 基因的length可用 R 包：biomaRt .

2021-01-08 13:40 回答问题

合并不合并，主要看分析目的。个人建议是单独分析，最好取交集。

2021-01-08 13:39 回答问题

问题描述如果能更详细一些就好了。

2021-01-08 13:37 回答问题

TCGA和GEO数据之间存在平台差异，或者本质定量方式不同（RNAseq基于count，芯片基于荧光值）；若在GEO验证归一化是必须的；个人建议最好对TCGA同一数据进行分组验证，GEO验证可以针对筛选出的基因进行表达水平的验证。另外ICGC也有一些数据可以纳入进行验证。具体可邮箱联系。