TCGA里面的下载的临床XML文件是怎么转临床数据文本的？

TCGA里面的下载的临床XML文件是怎么转临床数据文本的？有没有相关的脚本

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2 个回答

Fei - 生物信息 2017-04-27 22:31

可以使用简易TCGA下载工具，百度网盘下载地址：http://pan.baidu.com/s/1gf7QBkR。当下载好临床数据后点击full按钮就可以将单个xml文件转成所有样本的临床信息的一个txt文件啦，详细的软件使用教程https://www.shengxin.ren/article/1。

祝让飞 - 生物信息工程师 2017-04-28 13:26

1、自己写脚本根据xml格式进行提取临床病理资料，每个样本都有对应一个xml文件

2、使用简易TCGA下载工具V6版本的ClinicalFull按钮进行提取。