用生信软件做生存分析

请教一下,我用生信软件做生存分析的时候,导出的sampleinfo中有些是nontumor的生存数据,我把这些删除了,然后表达矩阵中nontumor的表达值也删除了,当我批量分析完之后,导出数据的时候,老报错,说不匹配,但是我核对了一下,我的sampleinfo中肿瘤的样本跟表达矩阵表中是对应的呀,不知道为什么会这样?

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

注意检查你的生存时间列是不是数字,还是 状态列 是不是为0/1

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截图中的三个位置的参数条件注意一下

1、比如你的随访时间是日期的,你选择了year,这个时候任何的时间都大于你设置的最大时间,这样也就意味着把所有样本都筛掉了

2、比如状态列非0、1的话,那些非0/1的样本也会被筛掉

3、时间那一列如果不是数字的话,那些时间不是数字的样本也会被筛掉

4、同1,时间不在你设置的最小最大范围内的样本也会被筛掉

5、样本表中第一列与表达矩阵中的第一行匹配不上的也会被筛掉

最终得到一个干净的数据,如果经过上述五个条件筛完样本数过小就会报样本不匹配错误

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