一般的GEO中数据，都是分析两组或多组间基因的表达差异（实验s对照；肿瘤vs癌旁），但若想深入挖掘，比如我想比较不同肿瘤分期、不同生存状态、不同种族、不同性别、不同....的差别基因，以此，需找一种重要的marker分子。所以我想请教一下，有什么好的办法
既然你已提到比较不同分期，不同生存状态，性别等来寻找潜在标志物，其实有很多这种研究的文章，你可以查一下，大体思路从多维数据中提取特征，再进一步挖掘关键因子，主要是GEO数据样本量很多都比较小，所以能做这样的事的文章较少。而做差异比较简单。
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