plink跟R并没有直接的关系，一个是软件，一个也是（编程语言）软件，能不能代替要看plink团队有没有提供相关的R包，至于R软件能否实现所有的生物信息学分析方法，这个肯定是不能的，没有哪种语言可以实现所有的数据分析方法（当然理论上可实现），参考书的话一言难尽了
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