用DEG center 或者用R语言的limma包进行差异分析,将FDR设置为0.05,log2FC为1时,没有结果

请问老师:用DEG center 或者用R语言的limma包进行差异分析,比较实验组和控制组差异,将FDR设置为0.05,log2FC为1时,没有结果。而输出的limma文件里,adj.p 几乎都在0.999之间,这说明了什么问题啊?

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

有些数据因为本身差异较小,所以检验结果中p值普遍都比较大,然后再加上多重检验矫正(FDR)p值就更大了,遇到这种情况你可以其看一下p值大概都在什么样的水平,如果实在要用这个数据的话可以卡p值,不用FDR.

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