如何利用TCGA数据进行生存分析

在文献中看到有人在前期自己做了基因芯片筛选出三种目标miRNA的情况下,用TCGA的食管癌miRNA数据分析验证这几种目标miRNA不同表达程度的患者的生存情况,以此利用这些miRNA来作为预后的预测指标,所以想自己也尝试一下,但是刚开始接触TCGA有很多不明白的地方。

现在我用论坛里的那个下载工具进行下载,是不是无法直接得到某一个病人的基因表达情况和该病人的生存情况资料?所以是不是要把miRNA-seq和clinical的数据分别下载下来然后进行一一对应呢?这个问题想不明白,求教有进行过类似处理的朋友,如何利用TCGA的数据进行生存分析,谢谢!

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2 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

先下载下来,然后再 进行样本表达的miRNA-seq 与样本临床病理资料进行对应 之后再进行生存分析

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刘光迪 - PHD

有没有高手写个详细点的文章供初学者模仿学习,楼主可参考这个哈   https://www.shengxin.ren/article/75

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