老师请问什么是后续分析呢?第二条提到的“后续要继续分析的话用FPKM,我习惯先转成TPM”。
用counts通过DECenter得到差异表达的数据后,接下来打算做生存分析,火山图,热图,Go分析,KEGG分析。
这时应该在之前把FPKM用归一化中的TPM转换么?然后在开始差异分析,生存分析等等接下来的操作?
期待老师的解答,谢谢。
1、用简易TCGA下载的数据有三种Count,FKPM, FKPM-UP。上述三种数据是否都需要进行标准化之后才能进行后续的差异分析?
2、Count,FKPM, FKPM-UP这三种数据应该用什么方法进行标准化?
3、进行标准化之后,这三种数据改用哪一个R包进行分析?还是所有的R包都可以选择?
4、附上2个分析RNA Seq数据的网站(http://www.mirnet.ca/, http://www.networkanalyst.ca/)。我把数据上传到网站上,但同一肿瘤的Count,FKPM, FKPM-UP分别上传至上述网站上,得到的结果不同。该怎么取舍?
急求各位大神帮助