也解答了我的疑惑。
1、可以用EdgeR包里面的calcNormFactors,estimateCommonDisp,estimateTagwiseDisp标准化出来的结果直接计算Pearson相关系数吗?FPKM可以吗?
2、EdgeR标准化出来的数据,有一些值为0的数据,计算相关系数的时候需要处理吗?
3、计算相关系数,需要log2变换吗?
4、lncRNA的丰度相对较低,和mRNA算出来的相关系数会不会偏大?
问题比较多,希望有一起学习的通道加qq522314536一起讨论一下~~