怎样快速简洁的从TCGA数据库中提取预后相关信息?

我从Broad institute上分别下载了miRNA数据和临床相关数据两个txt文件,首先我利用R包对miRNA分析后得到了一百多种差异表达miRNA,现在想提取病人基本的临床信息,以行生存分析和相关分析检测,但是前面下载的临床数据文件内容庞大、复杂、混乱,我想问怎么样才能从海量的临床数据表格中快速的提取出我想要的预后相关信息?如果手动去寻找,工作量太大了!

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2 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

生信人小工具 组合套路可以达到你的要求,比如 TCGA下载小工具 下载临床数据,打开表格后筛选自己想要的数据列,然后再使用批量生存分析工具自动去匹配你的miRNA表达谱和临床随访数据,之后的数据都是整理过的,导入R都可以

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杨博文

生信人的小工具可以,通过perl写一个脚本也很简单

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  • 无品墨客 提出于 2017-11-28 10:43

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