GEO下载数据包括病毒感染肿瘤，非病毒感染肿瘤和正常三种数据，想知道做差异分析时如何分组？谢谢

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2 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师 2017-12-04 16:52

可以分三组两两比较啊，看你具体的思路了

strings 2017-12-04 16:58

类似HBV感染的HCC、非HBV感染的HCC、正常对照。

一般是分别做差异的。

1. 通常文章标题中出现研究HBV感染HCC的，会分析"HBV感染的HCC" v.s. "HBV长期感染者"

2. 假装不知道HBV感染的，会分析（“HBV感染的HCC" + “非HBV感染的HCC”） v.s. “正常对照”

3. 研究非HBV感染HCC的，会分析“非HBV感染的HCC” v.s. “正常对照”