各位大神,我做GSEA分析发现,选择“实验组V对照组”和选择“对照组V实验组”得到的基因集有很大的不同。请问我们在做GSEA分析是应该把哪一组放在前面呢?
不应该的,基本上两者是相反的结果而已
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没关系的,用一边的结果就行了,因为解释的结果就是看这条通路倾向于哪边而已