无参转录组组装后较短，怎样用CEGMA评估？

审稿人提出无参转录组的unigenes小于300bp的太多，让用CEGMA转件评估，请问大家这个需要怎么做？有没有具体的操作流程，谢谢！

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2 个回答

张海伦 - 生物信息分析员 2017-06-01 22:31

CEGMA是评估基因组完整性的软件。现在都不怎么用啦，现在都在用busco。软件的大概原理是首先有一个核心基因集，然后对基因组进行预测，将预测的结果和核心基因集（超级保守）去交集。利用重合比例的高低来确定基因预测的完整性。

你首先确定下是不是CEGMA，如果是的话，我感觉你可以拿核心基因集跟你的转录本比一比，看看有多少核心基因集出现。以此来评估你得到的unigene，是可靠的。

调研图 2017-06-01 22:58

装一个CEGMA，百度下怎么装就可以了，之后你添加

export PERL5LIB=/home/user/CEGMA/v2.5/lib/:$PERL5LIB

之后运行下面bin下面的cegma应该就可以了，接下来就按照那个提示安装geneid、genewise、hmmer和blast+

export CEGMA=/home/user/CEGMA/v2.5/:$CEGMA

export WISECONFIGDIR=/home/user/wise/2.4.1/wisecfg/:$WISECONFIGDIR

export PATH=/home/user/trainGeneID/bin/geneid/bin/:$PATH

你试下吧。