5 无参转录组组装后较短,怎样用CEGMA评估?

审稿人提出无参转录组的unigenes小于300bp的太多,让用CEGMA转件评估,请问大家这个需要怎么做?有没有具体的操作流程,谢谢!

请先 登录 后评论

2 个回答

张海伦 - 生物信息分析员

CEGMA是评估基因组完整性的软件。现在都不怎么用啦,现在都在用busco。软件的大概原理是首先有一个核心基因集,然后对基因组进行预测,将预测的结果和核心基因集(超级保守)去交集。利用重合比例的高低来确定基因预测的完整性。

你首先确定下是不是CEGMA,如果是的话,我感觉你可以拿核心基因集跟你的转录本比一比,看看有多少核心基因集出现。以此来评估你得到的unigene,是可靠的。

请先 登录 后评论
调研图

装一个CEGMA,百度下怎么装就可以了,之后你添加

export PERL5LIB=/home/user/CEGMA/v2.5/lib/:$PERL5LIB

之后运行下面bin下面的cegma应该就可以了,接下来就按照那个提示安装geneid、genewise、hmmer和blast+

export CEGMA=/home/user/CEGMA/v2.5/:$CEGMA

export WISECONFIGDIR=/home/user/wise/2.4.1/wisecfg/:$WISECONFIGDIR

export PATH=/home/user/trainGeneID/bin/geneid/bin/:$PATH

你试下吧。

请先 登录 后评论
  • 3 关注
  • 0 收藏,9618 浏览
  • lihuanyong 提出于 2017-06-01 14:32

相似问题