我照着https://www.shengxin.ren/article/172这个教程学习使用DECenter,在使用过程中有几点疑问,想请教下大神。
11.在选择方法这里,意思是基因的数据选择limma RNA使用DESeq等的意思吗?这里一直没弄明白。
2.就是下面参数值选择的问题:我分别将Log那栏改为2 ,把0.05 改为0.1 获得三组数据,这三组数据再分别进行比较发现
第一个和第三文件,三组数据基因无差别;第二个文件三组数据有明显差别。
请问,这个值得选择有什么规定吗?一般在做数据差异时如何选定参数值? 我修改上面2个参数值,确实是仅有第二个文件数据有差别还是也许因为我选取的参数值有限导致的偶然一样?
3.在使用上面的三个文件做火山图时发现,前2个文件可以做,最后一个不能做火山图。。再继续打开文件看,发现3个文件内容类型不一样。最后一个文件里面没有FC及P值,请问这样的原因是什么?