画ROC曲线

要使用pROC包画出RNA基因表达数据和（生存时间与生存状态）的ROC曲线图，

plot.roc(status+time~基因名,sample,col="1")->r1 这样写是错误的，然后提示可以使用multiclass.roc代替。

但是multiclass.roc最后我只会得到auc值，不知道怎么得到画出的ROC曲线图呀？

请问上面那句代码这样写有道理吗？或者大家能否告知一下这块怎么处理呢？谢谢

比方说上面这个图，是不是用基因值和（生存时间和生存状态）得到的呀？我不是很明白。

0 条评论

默认排序时间排序

1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师 2018-01-16 20:17

建议使用R包里的pROC，例子如下：

fit <- survivalROC(Stime = time, status = status, marker = riskScore, predict.time = 10, method = "KM")
optimalCutoff <- fit$cut.values[which.max(fit$TP - fit$FP)]
ROC.1<-fit
plot(ROC.1$FP,ROC.1$TP,type='l',xlim=c(0,1),ylim=c(0,1)
     ,xlab='FP',ylab='TP',main='ROC',col='blue')
abline(0,1)

画ROC曲线

1 个回答

相似问题