通过各种VPN连接,包括工具盒内的,都无法搜索到TCGA临床随访信息;到TCGA的网站也是该页无法显示,请问有什么办法可以下载Bladder Urothelial Carcinoma的临床随访信息?想做个生存分析,谢谢各位大神
R读入数据时 比如说用read.table 总是自动将-转成., 如 TCGA数据的 样本ID TCGA-UF-A71D-01A 会变成TCGA.UF.A71D.01A 要怎么保持他们不变呢
最近在处理数据,请师弟帮我从TCGA下载了所有肺癌患者的临床资料与has-miRNA的值,做统计的时候需要比较miRNA高低表达,但是不知道如何比较,所以想逆计算原始的数值。
目的是在TCGA数据库中下载关于乳腺癌的正常和肿瘤的基因表达谱数据
做差异分析应该选择下载图中哪种类型的数据?
老师您好,用贵公司的软件下载TCGA的miRNA数据,点击合并后自动得到标化数据的矩阵(reads_per_million_miRNA_mapped),现在想得到read count合并矩阵,该如何做呢?
但是甲基化数据以及CNV数据是2种类别的样本都有。 这样的话RNA以及miRNA的数据就没法做机器学习的相关分析了呀。 如何找到RNA miRNA的正常样本的数据呢?
例如,TCGA-A7-A0DC-01_Rep917,这个Rep917代表什么意思?这几个样本如果数量不多的话可以直接删除吗?