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用简易TCGA工具下载TARGET数据时,为什么clinical的数据和RNA数据不能匹配,每个样本的编号都对不上?

为什么在TCGA简易下载工具下载的mirna数据合并后找不到了,而且数据归一化不能选择多个数据的?

请问在TCGA数据库中点击miRNA-seq,然后在点击Exp下载数据,如下,但是下载的数据是基因表达数据吗?

请问在TCGA数据库中点击miRNA-seq,然后在点击Exp下载数据,如下,但是下载的数据是基因表达数据吗?

怎么下载临床随访信息

通过各种VPN连接,包括工具盒内的,都无法搜索到TCGA临床随访信息;到TCGA的网站也是该页无法显示,请问有什么办法可以下载Bladder Urothelial Carcinoma的临床随访信息?想做个生存分析,谢谢各位大神

R读入数据 自动将-转成.,要怎么保持他们不变呢

R读入数据时   比如说用read.table 总是自动将-转成., 如 TCGA数据的 样本ID    TCGA-UF-A71D-01A   会变成TCGA.UF.A71D.01A 要怎么保持他们不变呢

想知道TCGA数据库下载的癌与正常组织has-miRNA的数值是如何计算来的?标准化处理的过程?

最近在处理数据,请师弟帮我从TCGA下载了所有肺癌患者的临床资料与has-miRNA的值,做统计的时候需要比较miRNA高低表达,但是不知道如何比较,所以想逆计算原始的数值。

请问在TCGA数据库中下载乳腺癌的基因表达谱数据时,在同一个文件夹中为什么会同时出现TCGA-A7-A0DC-11A-41R-A090-13(正常)和TCGA-A7-A0DC-01A-11R-A010-13(肿瘤)那到底这个TCGA-A7-A0DC样本是正常的还是患病呢?

目的是在TCGA数据库中下载关于乳腺癌的正常和肿瘤的基因表达谱数据

TCGA简易下载工具v14中的甲基化数据和CNV数据下载后,都是转化好的基因水平的矩阵吗

做差异分析应该选择下载图中哪种类型的数据?

TCGA简易下载工具下载LAML下的RNA Seq counts每次下载下来都是零,是怎么回事?别的疾病下面就没有这个问题

用limma包做tcga数据差异分析,应该用下图中的哪个数据?是用标准化后的还是原始数据?如果做生存分析呢?

TCGA简易下载工具下载FPKM 数据时总显示下载出错,请重新下载怎么办?半夜也试过了,还是下不下来,求解

解决 老师您好,想问下用贵公司盒子下载的TCGA的miRNA数据,如何合并得到read count数据(目前自动合并的是标化后的)?

老师您好,用贵公司的软件下载TCGA的miRNA数据,点击合并后自动得到标化数据的矩阵(reads_per_million_miRNA_mapped),现在想得到read count合并矩阵,该如何做呢?

解决 为什么工具下载的TCGA RNA-seq 以及 miRNA-seq 只有癌症样本,而没有正常样本

但是甲基化数据以及CNV数据是2种类别的样本都有。 这样的话RNA以及miRNA的数据就没法做机器学习的相关分析了呀。 如何找到RNA miRNA的正常样本的数据呢?

解决 请问在TCGA下载的BRCA的Counts数据中出现了几个不一样的Barcode,这个是什么情况?可以把这几个样本删除吗?

例如,TCGA-A7-A0DC-01_Rep917,这个Rep917代表什么意思?这几个样本如果数量不多的话可以直接删除吗?