从TCGA简易下载工具V16里下载到的RNA-seq数据用的参考基因组是hg19还是hg38?

解决 大家如何评价GPL570检测lncRNA表达呢，它的数据与TCGA数据比起来没有任何突出的优点吗？现在不能用了吗，望指点，谢谢！

...异lncRNA就只有100多个(ಥ_ಥ)，然后询问是否可以转向使用TCGA数据，这样结果更令人信服。那我是不是就得用TCGA数据重新做?但是这样毕竟耗时间啊，改数据的话文章基本重做了，感觉改动好大啊。我不想改数据啊，大神们有没有...

解决 TCGA简易下载工具的临床随访数据中Clinical BCR Biotab,Clinical BCR XML,Clinical BCR OMF XML分别代表什么意思

请问一下TCGA简易下载工具的临床随访数据中Clinical BCR Biotab,Clinical BCR XML,Clinical BCR OMF XML分别代表什么意思？ 另外下载了这些临床数据，合并文件后得到的文本，例如Clinical BCR XML.merge的一个文件里头为什么只有都是肿瘤的数据...

解决 关于数据下载后导入EXCEL中有大量数据空白的问题

是否为软件算法导致？还是TCGA中数据本来就是缺少的？本人无法登陆TCGA官网查看，请了解的前辈解答 （TCGA-COAD，clinical数据，V7工具箱整合版，V8单独软件版都试过：有459样本，但无一列外，遇到“new tumor”项就语焉不详，大...

为什么TCGA简易数据库ENSG_ID转换得到的基因数和在Ensembl转换得到的数量不一样？

还有想问下转换的时候，是ENSG_ID最后一位要加上1再去biomart转换？如：ENSG00000111224.12转换为gene名的时候将ENSG00000111224.12变为ENSG00000111224.13才转换，只有这样才能得到工具转换出来的结果，为什么加上1呢？

利用TCGA资源，求助：从获取的差异基因集中，找出和预后相关的基因集，并根据统计学学参数依次排序，有知道如何用R实现吗？

求助：从获取的差异基因集中，找出和预后相关的基因集，并根据统计学学参数依次排序，有知道如何用R实现吗？

TCGA标准化化后的反相蛋白质阵列基因芯片( RPPA)数据（level3和level4）推荐用什么算法进行差异分析？

用生信人工具盒进行TCGA数据批量生存分析点运行之后批量运行和导出结果按钮变成了灰色，这个问题您解决了吗，是哪里出了问题？

TCGA简易下载工具的临床随访数据中Clinical BCR Biotab,Clinical BCR XML,Clinical BCR OMF XML分别代表什么意思呢？谢谢

TCGA seq数据6万多个基因位点ID转完后只剩1万多个，丢失了很多信息，除去没有对应的geneID还差好多，怎样才能转换完全？谢谢

请问在TCGA上下在数据集一直下不下来的问题解决了吗，我遇到的问题也是下载不了，您看如下图所示 希望得到您帮助

在TCGA数据库中GBM miRNA数据中只有5个，但是我在文献上看到他们的数据有500多例，想请大神们研究一下，不胜感激！！

如题

用DECenter的Deseq2做TCGA差异分析时出现logFc和up/down regulated不一致的情况。比如logFc>1和logFc

另外我选择的是|log2Fc|>3，但算好以后所有范围都有

收费

TCGA数据下载，利用sangerbox，注册后收费多少

TCGA下载工具中,请问ENSG_ID转换成Gene_symbol，是对那个文件进行操作？将keys的ENSG转换为gene名称？