...位老师，想请教几个问题 1、在做差异分析的过程中，从TCGA下载的FPKM数据转换为TPM数据后，可以使用DEcenter里的limma包进行分析吗？ 如果可以的话，这种方式最好的差异分析处理方式吗（优于通过counts数据进行DEseq或者edg...
我利用下载工具下载TCGA-LUAD转录组数据，发现数据中相同样本名的01原位肺腺癌数据有的居然有3个，后缀分别是01,01_r1,01_r2。请问这个是什么意思，是技术重复还是生物学重复吗？
Estimate算法是不是只是用于TCGA数据？那GEO的数据可以进行评分吗？
祝老师 您好 我想请问为什么我在TCGA上下载的转录组数据合并之后打开tag那一行全都是MMRF_2106-null MMRF_2122-null MMRF_1593-null 这一种 这种类型的我无法判断是肿瘤还是正常组织？请问 是我哪里出错了吗 期待您的解答 谢谢
我想提取TCGA肿瘤患者中的临床信息，但我不需要那么多临床信息，（一个患者的临床信息就几百K）。请问各位高手，如何选择性下载自己感兴趣的信息
请问有没有大神会用metabric数据，网上有很多TCGA和GEO的教程，但是没有metabric,最近刚学习，还不是很懂，求大神指点
在第一步添加矩阵文件（利用TCGA简易工具下载的肝癌Merge_matrix.txt.cv）时为什么显示内存不足？试过好几个电脑都是这样，请问怎么解决？
请问老师，利用贵网站提供的差异表达分析软件，对TCGA数据miRNAs进行分析，结果如图所示，表中所示的上调是指在LUAD(癌组织)中上调还是Normal(正常对照组)中上调？因为进一步进行生存分析遇到了一些问题，所以想确定下。...
小弟用生存分析工具分析TCGA数据基因的生存，发现部分基因没有结果，是什么原因，如何改进，求各位大神指教。
您好！我看到有的文献用到TCGA的数据，是包含患者的吸烟与否，合并症，体重指数等，但是我用生信人下载的临床信息只有16项，不包含以上项目，特请教：如何获取上述信息呢？谢谢！
TCGA下载小工具安装不成功
简易TCGA下载工具v8版本 修改tmp后，点击合并文件无反应
TCGA下载的临床数据，想做生存分析KM曲线，在提取Overall Survival时我一直以为days to last followup的数据就是OS的时间，但看了网站上的帖子说OS的时间应该为days to death和days to last followup合并后的时间，不知到底哪种算法正确？谢谢！