解决 再次出现临床数据合并中的问题。（升级到v13版后已解决）

...下载完，最后扩展名为.bak，如：ationwidechildrens.org_clinical.TCGA-DD-A3A2.xml.bak，但是提示是下载完成了的，但是就是一合并数据就会出现这个错误提示。 如果这个功能确实不能用的话，直接到tcga官网下载临床数据也可以吗？ 谢谢...

GEO数据集对LncRNA重注释却未得到目标LncRNA

解决目标：获得目标LncRNA的表达量，以验证TCGA所建立的预后模型 目前采用方法：通过对探针进行重注释，以期能够完成对LncRNA的重注释。但贵网站所提供的教程都是以Affymetrix公司为例的，其可以轻松获得FASTA文件。我想用的GEO...

解决 请问使用小工具下载了乳腺癌的RNA-seq数据，合并、ENSG-ID转换之后，Merge_matrix文件里面的KEY（如：ENSG00000167578.15）如何转换为常用的gene symbol？还有就是ENSG00000167578.15这代表的是TCGA里面的gene ID吗？

解决 WGCNA得到的基因模块如何做生存分析？

求大神解答，用TCGA做了WGCNA后，想将某一模块做生存分析？模块一份为二后的生存时间，生存状态怎么算？如何生存分析？

祝老师 您好 我想请问为什么我在TCGA上下载的转录组数据合并之后打开tag那一行全都是MMRF_2106-null MMRF_2122-null MMRF_1593-null 这一种 这种类型的我无法判断是肿瘤还是正常组织？请问 是我哪里出错了吗 期待您的解答 谢谢

结肠癌TCGA数据库中，有部分病例new_tumor_events.new_tumor_event_after_initial_treatment这一栏是yes，我理解是术后复发了。但对应的person_neoplasm_cancer_status这一栏却是tumor free，哪位老铁知道这是什么意思

DECenter分析差异基因提示rowname重复，怎么处理？

用DECenter分析差异基因时，报错提示row.name有重复，我查重第一行TCGA编号，没发现有，要怎么处理呢？感谢各位老师！

sanger工具盒内的软件打不开

sanger1.0.5版，win10系统，存放于D盘根目录下，想打开TCGA建议下载工具，提示“启动完成”，但没出现软件的界面。

解决 关于DECenter分析差异表达的错误

想要分析从TCGA上下载下来的counts数据，得到差异表达，但是按照生信人推送的教程操作后，用DECenter分析差异数据的这一步总是出现如图所示的说样本列有重复，要怎么解决啊？我已经对过了，keys这一栏没有重复的序号。

DE center怎样分析出差异基因

请教大神： 1、生信工具盒启动tcga数据下载，其中可下载资源选择哪一种，癌与癌旁分开下载还是合并文件下载。 2、下载的数据怎样用decenter分析出差异基因（类似于下面截图中的数据格式），用于进一步的分析。

miRNA.mRNA.lncRNA标准化

老师们好，我想问从TCGA下载下来的miRNA是否还需要标准化？目的是差异分析和生存分析 mRNA.lncRNA应用简易数据标准化工具有4种标准化方法的； 那么，他们3种RNA是否需要一样 的标准化方法？目的是生存分析

新的V5分析报错，祝老师有空帮忙看看

工具盒里最新的V5 DECenter分析报错，不太看的懂什么问题，都是按教程走的，下的TCGA的rna count数据，合并了矩阵，做了样本分组表，分析到一半出现这个

DEcenter运行出错

运用DEcenter分析TCGA数据，选用limma（芯片）方法分析可以得到结果，但选用edgR（counts数据）结果显示：ERROR : 无法分配大小为86.2 Mb的矢量 ，再选用DESeq2（counts数据）结果显示：Warning messages: 1: 程辑包'GenomicRanges'是用R版本3.4.2 来...

解决 祝老师您好，使用 TCGA简易下载工具的 ENSG_ID转换功能自动成Merge_matrix.txt.cv 和 Merge_matrix.txt.cv.lnc ，能否理解为一个mRNA文件和一个LNC文件？但打开Merge_matrix.txt.cv 文件发现有如上面截图的基因，不太清楚还想请教一下

解决 您好，非常感谢您回答我提出的关于使用哪种RNA数据进行分析更好的问题，我想再请教一下：如果我进行癌和癌旁差异性基因的分析，那应该是用哪种数据合适呢？是cbioptotal处理后的rsem数据还是用TCGA简易下载工具下载的三种（ count，fpkm，fpkm-uq）中的哪种呢？