祝老师，您好！我下载的TCGA的RNAseq，按照教程里的步骤，点完测试转换之后，就卡在0%不动了。 如下图 请问这样要怎么解决呢？？？
使用TCGA简易工具V16 下载XML临床数据后进行合并 合并后文件前后信息有重复 比如前面有几列 列名为 A18_SexA1_OSA2_EventA3_TA4_NA5_MA6_StageA7_GradeA8_New_EventA8_New_Event_TimeA8_New_Event_Tissue，后面也有几列反映该项信息的比如vital_status，病理...
...ead.table\r\n\xcd\xa3\xd6\xb9\xd6\xb4\xd0\xd0\r\n" 我准备分析的是TCGA RNA数据，生成矩阵，样本信息为手动编排的癌和正常，错误信息如上，请各位老师指教
目标：已下载TCGA乳腺癌中所有数据，手头有一个基因（已知其在乳腺癌中高表达），现在想知道如何将这个基因高表达的所有肿瘤样本筛选出来，然后再将这些样本中的所有差异基因筛选出来？
看到这里我有些奇怪，作者强调了数据来源于llumina 2000平台，这是一篇去年的文章，作者下载了238个数据，而现在膀胱癌数据已经400多了，突然多了两百多不可能吧，所以难道TCGA数据还要选择同平台？我有点疑惑，求大神解答
老师，我在TCGA下载了RNA-seq，代码是：ENSG00000213523.8，但是我在http://www.ensembl.org网站查不到，把小数点及后面的去掉就可以搜到了，为啥？？ENSG00000213523.8有没有小数点一样吗？那下载的是有小数点的，他到底是啥呢？是该基因...
老师，您好！ 我用贵站的差异表达软件对TCGA中miRNA数据分析后得到多个差异表达miRNA，然后再利用批量生存软件分析这些差异表达miRNA，但结果出现一些问题，不知如何处理： 癌组织中miRNA高表达，提示可能起致癌基...
...题，也有可能是对软件不太了解的原因。问题如下： 1.TCGA分析时经常会卡在一个地方就没有反应了，重新关掉软件再分析又卡在另外一个地方,我看到前面有工程师回答说是内存不足，我查到自己电脑内存和CPU闲置很多，内存才...
所使用的方法：edgeR(TCGA数据） p值：0.05 fold change值：1.0 是否已经取过log值：是 样本类型列为：第2列 正在运行，请稍后... 是否正确运行：否 输出信息：无 错误信息：b"Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = qu...
代码：summary（coxph(Surv(os,status)~age+grade+level,data=tcga)） 发现grade和level这样的分类变量，在R中自动选择了一组作为对照（也就是grade有1,2,3,4组，自动选择了1作为对照，最后显示2,3,4组的结果） 做cox必须要把分类变量做哑变量处...
TCGA盒子提取数据时转录谱原始测序数据（HTSeq - Counts）样本数量与对应的临床病理资料（Clinical）样本数量不一致是什么原因
老师，您好，我用v8 版的下载了TCGA 的头颈鳞癌数据，并且进行了ENSG转换，但是在Merge_matrix文件中，ENSG-ID编号都是有小数点的，比如 ENSG00000242268.2但是我在源目录下面找到的转换文件中ENSG编号都是不带小数点的，请问老师这个...
...nabrowser.net/)数据库中下载了经统一标准化的泛癌数据集：TCGA TARGET GTEx (PANCAN,N=19131,G=60499),” ，请问这个“统一标准化”是如何进行的？是选用TPM, RPKM and FPKM中一种吗？还是其他方法？盼望你们尽快回复我，谢谢