TCGA 中某个基因表达量怎么和临床信息对应起来
TCGA简易小工具下载的文件矩阵文件怎么做?
TCGA建议下载工具找不到TCGA-CESC、COAD等多个数据集,请问是什么原因呀?之前使用时可以找到TCGA-CESC、TCGA-COAD,现在无法在数据集界面看到,不知道是什么原因
图为TCGA的RNA-Seq和clinical数据,在进行批量生存分析时,显示数据不匹配,无结果。而本组数据是经过合库的,样本名称1对1匹配。 请求老师指教,谢谢!
我打开Sanger Box上的TCGA简易下载工具后,提示启动成功,但就是没有出现TCGA简易下载工具的界面,求解,谢谢
老师好,我使用Sanger Box下载的TCGA GBM转录水平的Count值,将这些数据和使用其它方式(cbioportal及firehose)相比,数据有出入,而且有些病例和基因数值出入较大。请问,哪种方式下载的数据更可信些?谢谢!
都表示什么意思?求解答。
小工具下载的TCGA甲基化数据最后一列,feature type里有N_shore,S_shore,Island等,代表什么意思啊,启动子区域的是哪个呢,求教
请问在这里下载的数据是可以直接用于生存分析的reads数码?需要归一化或其他处理吗? 合并后的数据第一列是什么意思?
图为TCGA的RNA-Seq和clinical数据,在进行批量生存分析时,显示数据不匹配,无结果。而本组数据是经过合库的,样本名称1对1匹配。 请求老师们的帮助,谢谢!
分析TCGA中某基因的差异表达,DEcenter给出了均值,如何计算标准差
大神,本人刚刚接触生信,想咨询一个问题,tcga如何下载某一特定类型的肿瘤数据,我想下载一下口腔癌或者舌癌的数据,但是里面搜到的数据是头颈鳞癌,打开clinical数据不知如何筛选,查到的数据BA,BB不知道具体在是哪边...
如何将TCGA中的临床数据和GSE的GSM样本信息对应整合起来
请教各位老师,用TCGA数据做生存分析,我们通常是用某个评分或者某个基因的表达量水平,来分析其与生存的相关性。但是每个病人受到的治疗不同,这个也会影响生存。即使在有些文献中做多因素COX分析,也是排除例如年龄...