不同方式下载的TCGA数据出入较大

老师好，我使用Sanger Box下载的TCGA GBM转录水平的Count值，将这些数据和使用其它方式（cbioportal及firehose）相比，数据有出入，而且有些病例和基因数值出入较大。请问，哪种方式下载的数据更可信些？谢谢！

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3 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师 2018-09-18 10:43

数值出入较大你肯定是哪里下载错了，随访信息可能会有差别，转录组的基本上不会有差异的

凌云月 - 医生 2018-09-26 19:42

我用sanger助手下载，合并的矩阵。和我自己从官网下载的，自己写代码去合并的矩阵是一致的。

XiaoShi 2019-01-10 10:36

firehose的数据版本是2016年的，样本数量是不全的，不知道你有没有仔细核对