3 不同方式下载的TCGA数据出入较大

老师好,我使用Sanger Box下载的TCGA  GBM转录水平的Count值,将这些数据和使用其它方式(cbioportal及firehose)相比,数据有出入,而且有些病例和基因数值出入较大。请问,哪种方式下载的数据更可信些?谢谢!

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3 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

数值出入较大 你肯定是哪里下载错了,随访信息可能会有差别,转录组的 基本上不会有差异的

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凌云月 - 医生

我用sanger助手下载,合并的矩阵。和我自己从官网下载的,自己写代码去合并的矩阵是一致的。

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XiaoShi

firehose的数据版本是2016年的,样本数量是不全的,不知道你有没有仔细核对

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