大神们好！ 我已经下载好RNA-seq counts压缩文件，也已经合并成矩阵文件，且，进行了探针注释。 但是我不知道如何用R语言进行差异表达分析。 请大神们帮忙谢谢！
以前用老版的小工具下载的RNA-Seq数据经过ID转换后得到24992个基因，，，现在用生信人盒子经过ID转换后，得到19754个基因symbol（ID转换时我选的是编码基因），选择非编码RNA经过ID转换得到的是ENSGXXXXX格式的名字。 原来的24992...
老师您好， 我下载的是brca的数据，HTSeq - Counts中，tumor是1102例，normal是113例。但是临床数据只有1097例，为什么呢？ 我去了TCGA官网的data-portal，RNAseq的cases是1092。 能解答一下我的疑惑吗？非常感谢！
官网上乳腺癌显示有1098例，但是TCGA下载工具检索的很多类型的数据都超过了1098，最多的有1222例，只检索primary solid tumor也是这样，请问是什么原因？
工具盒V7里面没有TCGA_ID转换器
http://sangerbox.com/TcgaDown 在这个网站，按照祝老师的方法显示开始下载，但一直找不到数据。求助u，谢谢！
我翻看TCGA的RNAseq V2 pipeline，官方数据只有rsem值，你们提供的简易下载工具中却有htseq-count read count。我想问，你们是如何将rsem值转换为htseq-count read count？如果我想结合下载到的TCGA level3和自己测序得到的RNAseq数据进行差异分析...
如图：