老师，你好，我知道TCGA在下载表达数据时mRNA和lncRNA是混在一起的，我想请教一下是何种原因导致了这两种数据混在一起，是因为RNA-Seq过程导致的吗?
TCGA中下载的ov的miRNA数据显示有499条，但单独点癌组织却没有499条，单独点癌旁组织一条也没有，为什么会出现这种情况呢？实际的癌旁组织与癌组织的具体数量要下载整理数据以后自己统计吗？并且它的临床数据有500多条，多...
老师您好，TCGA直接下载的甲基化数据是txt文件，这个是经过处理的吗？只需要整理成矩阵就可以了还是需要进行一些质控？小工具中的标准化工具的设定对于甲基化一般该怎么设定呢？
TCGA简易小工具合并后查到的ENSG格式的名字对应的Counts的数据请问可以使用做差异分析吗比如第一个ENSG,上面对应的TCGA-AA-A00Q-01对应的值4406是不是就是该患者癌组织该基因的Count值，可以拿来直接做差异分析吗