TCGA简易小工具合并后查到的ENSG格式的名字对应的Counts的数据请问可以使用做差异分析吗

TCGA简易小工具合并后查到的ENSG格式的名字对应的Counts的数据请问可以使用做差异分析吗attachments-2018-09-RTWd2CkO5b90d117503e5.PNG比如第一个ENSG,上面对应的TCGA-AA-A00Q-01对应的值4406是不是就是该患者癌组织该基因的Count值，可以拿来直接做差异分析吗

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1 个回答

调研图

这里面包含mRNA、lncRNA和假基因，你要先区分开，然后用DEseq2或者edgR来做差异分析

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  • K28 提出于 2018-09-06 15:04

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