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下载的文件合并后,进行归一化处理,非TCGA为什么不能转换成TPM,这应该怎么处理

TCGA下载的是HTSeq-FPKM数据,不是counts数据,DEC分析时应该选择哪种方法?

Y染色体的甲基化位点为什么在tcga中的卵巢癌数据中也会体现

请问下载过SangerBox软件以后,为什么启动不了里面的软件,想用里面的TCGA简易下载工具。谢谢

TCGA数据库在做共表达之前能不能对数据进行对数化处理,对数话处理有什么含义吗

在线ID转换工具转换的TCGA数据转换后的基因是不是包含长链非编码RNA?

如题

TCGA中miRNA profiling下载完,合并后merge.txt错位

1.下载STAD数据中BCGSC miRNA profiling(491),下载成功,并能完成合并;打开merge文件,发现错位,数值矩阵和标题(样本名)错两列; 2. 其中一列数据全部为N; 3. 寻找下载的每个样本的独立文件,发现前两列也有错误,是其中...

用生信息工具下载的TCGA-READ数据中的临床资料与在GDC上下载的基本不一样啊

用生信息工具下载的TCGA-READ数据中的临床资料与在GDC上下载的基本不一样啊。是什么原因呢?这样的话表达数据是不是可信?

tcga RNA-Seq数据为RPKM,不是FPKM,可以用RPKM算生存期,差异表达吗

网上看到有人说FPKM/RPKM都不对,应该用TPM,到底用哪个?

如何用R把TCGA 生存率里面days_to_death 这列数字变成T/F 0/1之类的状态形式

如何用R把TCGA 生存率里面days_to_death 这列数字变成T/F 0/1之类的状态形式

我用TCGA简易下载工具下载数据,临床数据可以下载,RNA-seq数据一直下载不成功,这是啥原因

 

解决 TCGA小工具下载的RNAseq的FPKM数据 可以直接做t检验 和 FC值,找差异基因吗

你好,用贵公众号的 简易TCGA下载工具 下载临床数据,合并后格式好像不对,还需要怎么处理?跪求帮助

解决 请问如何利用TCGA下载的miRseq数据中read counts 和RPM 进行miRNA差异分析,如何归一化

TCGA临床信息——tobacco_smoking_history 中1,2,3,4,5 分别表示什么意思 都是吸烟的吗?